วันที่ ๖ สิงหาคม ๒๕๖๙ เวลา ๑๙.๐๐ น. กองทัพเรือ ได้จัดให้มีการอัญเชิญเรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ ๙ ลงน้ำ ณ พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เรือพระราชพิธี ในการจัดขบวนพยุหยาตราทางชลมารคในการเสด็จพระราชดำเนินไปทรงบำเพ็ญพระราชกุศลถวายผ้าพระกฐิน พุทธศักราช ๒๕๖๙ เนื่องในโอกาสพระราชพิธีมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา ๔ รอบ สมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินี ๓ มิถุนายน ๒๕๖๙ ในวันที่ ๖ พฤศจิกายน ๒๕๖๙ โดยเมื่อเรือพระที่นั่ง นารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ ๙ ถูกอัญเชิญลงจากคาน นายเรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ ๙ พร้อมกำลังพลประจำเรือ ได้ประกอบพิธีจุดธูปเทียนไหว้แม่ย่านางเรือ และถวายบังคมสักการะสิ่งศักดิ์สิทธิ์ จากนั้นจึงเคลื่อนเรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ ๙ จากคลองบางกอกน้อย ออกสู่แม่น้ำเจ้าพระยา มุ่งหน้าสู่อู่ทหารเรือธนบุรี ระยะทางประมาณ ๑ กิโลเมตร ในเส้นทางสวนเฉลิมพระเกียรติ ๗๒ พรรษา (สถานีรถไฟบางกอกน้อยเดิม) โรงพยาบาลศิริราช ท่ามหาราช ท่าช้าง วัดระฆังโฆสิตาราม ใช้เวลาประมาณ ๓๐ นาที จึงเข้าจอดยังอู่หมายเลข ๑ อู่ทหารเรือธนบุรี ทั้งนี้ การอัญเชิญเรือพระที่นั่งลงน้ำ

ในการจัดขบวนพยุหยาตราทางชลมารค ประกอบด้วย เรือพระที่นั่งจำนวน ๔ ลำคือ เรือพระที่นั่งสุพรรณหงส์ เรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ ๙ เรือพระที่นั่งอนันตนาคราช และเรือพระที่นั่งอเนกชาติภุชงค์ โดยจะอัญเชิญลงน้ำและเข้าจอด ณ อู่หมายเลข ๑ อู่ทหารเรือธนบุรี กรมอู่ทหารเรือ ระหว่างวันที่ ๕ - ๘ สิงหาคม ๒๕๖๙ วันละ ๑ ลำ ตามลำดับ

สำหรับเรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ ๙ จัดเป็นเรือพระที่นั่งกิ่ง ลำเดิมสร้างขึ้นในสมัยรัชกาลที่ ๓ แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ มีชื่อว่า “มงคลสุบรรณ” หัวเรือเป็นรูป พระครุฑพ่าห์ มีช่องกลมสำหรับติดตั้งปืนใหญ่ อยู่ที่หัวเรือใต้ตัวครุฑ มีความยาว ๑๗ วา ๓ ศอก กว้าง ๕ ศอก ๕ นิ้ว ลึก ๑ ศอก ๖ นิ้ว กำลัง ๖ ศอก ๖ นิ้ว พื้นท้องเรือภายนอก ทาสีแดง ฝีพาย ๖๕ คน ต่อมาในรัชกาลที่ ๔ ได้มีพระราชดำริให้เสริมรูปพระนารายณ์ยืนประทับบนหลังครุฑ เพื่อความเป็นสง่างามของลำเรือ และเพื่อให้ต้องตามคติในศาสนาพราหมณ์ เทวรูปพระนารายณ์ที่สร้างขึ้นใหม่ในรัชกาลที่ ๔ นั้น สร้างด้วยไม้จำหลักปิดทองประดับกระจกองค์พระนารายณ์ทรงเครื่องภูษิตาภรณ์และมงกุฎยอดชัยพระพักตร์และพระวรกายประดับกระจกสีขาบ (สีน้ำเงินเข้ม) มี ๔ พระกร ทรงเทพศาสตราคือ ตรี คทา จักร สังข์ ตามคติของพราหมณ์ซึ่งปรากฏในบทพระราชนิพนธ์เรื่องรามเกียรติ์ของรัชกาลที่ ๑ ตอนกุมภกรรณต้องศรพระรามสิ้นชีวิต จึงขนานนามว่า “เรือนารายณ์ทรงสุบรรณ”

หลังจากนั้นเรือได้เสื่อมสภาพลงคงเหลือแต่โขนเรือเก็บรักษาไว้ในพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ซึ่งในปี พ.ศ. ๒๕๓๙ กองทัพเรือ และกรมศิลปากร ได้มีหนังสือกราบบังคมทูลพระกรุณาขอพระราชทานพระบรมราชานุญาตเพื่อสร้างเรือพระที่นั่งลำใหม่เพื่อน้อมเกล้าน้อมกระหม่อมถวายในโอกาสพระราชพิธีกาญจนาภิเษกในพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ในวันที่ ๙ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๓๙ พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร พระราชทานพระบรมราชานุญาตให้จัดสร้าง พร้อมกับทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานชื่อเรือว่า "เรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ ๙" เรือลำดังกล่าวมีฐานะเป็นเรือพระที่นั่งรองทอดบัลลังก์กัญญา

สำหรับขั้นตอนการจัดสร้างเรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ ๙ แบบเรือได้คงขนาดและลักษณะของลวดลายแกะสลักทั้งหลายไว้ตามแบบเรือพระที่นั่งลำเก่า แต่ได้ปรับปรุงให้โขนเรือมีความสูงเพิ่มขึ้น และส่วนที่เป็นรูปพระครุฑพ่าห์ก็ออกแบบให้มีความงดงามยิ่งขึ้น พร้อมทั้งได้ขยายพื้นที่ของลำเรือให้กว้างขวางขึ้น โดยเฉพาะส่วนที่ทอดบัลลังก์กัญญาและประดับเครื่องสูงทั้งหลาย เริ่มดำเนินการสร้างตั้งแต่ วันที่ ๑ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๓๗ กรมอู่ทหารเรือรับเป็นผู้จัดสร้างตัวเรือ พาย และคัดฉาก ส่วนกรมศิลปากรเป็นผู้ดูแลการออกแบบแกะสลักลวดลายตลอดจนการลงรักปิดทองประดับกระจก พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร พร้อมด้วยสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง ได้เสด็จพระราชดำเนินไปทรงวางกระดูกงูเรือ ณ กรมอู่ทหารเรือ กรุงเทพมหานคร เมื่อวันที่ ๕ กันยายน พ.ศ. ๒๕๓๗ และทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมให้พระบาทสมเด็จพระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อครั้งยังเป็นสยามมกุฎราชกุมาร เสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์ในพิธีปล่อยเรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ ๙ ลงน้ำเมื่อวันที่ ๕ เมษายน พ.ศ. ๒๕๓๙

สำหรับการฝึกจัดรูปกระบวน ในการจัดขบวนพยุหยาตราทางชลมารคในครั้งนี้ ประกอบด้วย การซ้อมย่อยและซ้อมใหญ่ ก่อนที่จะมีพิธีจริงในวันที่ ๖ พฤศจิกายน ๒๕๖๙ โดยมีขั้นตอนที่สำคัญคือ การซ้อมย่อย ๑๐ ครั้งในช่วงเดือนสิงหาคมถึงเดือนตุลาคม โดยการซ้อมย่อยครั้งแรกในวันจันทร์ที่ ๑๗ สิงหาคม ๒๕๖๙ (วันที่ ๑๗, ๒๐, ๒๗ สิงหาคม วันที่ ๓, ๘, ๑๗, ๒๓ กันยายน วันที่ ๒, ๘, ๑๕ ตุลาคม) และการซ้อมใหญ่ ๒ ครั้ง ในวันที่ ๒๑ และ ๒๘ ตุลาคม ก่อนการจัดพระราชพิธี ซึ่งประชาชนสามารถมีส่วนร่วมโดยรับชมการฝึกซ้อมและร่วมรับเสด็จฯ ได้ทั้งสองฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยาตั้งแต่สะพานกรุงธนถึงวัดอรุณราชวราราม โดยกำลังพลกองทัพเรือทุกนายมีความภาคภูมิใจที่ได้เป็นส่วนหนึ่งของพระราชพิธีอันสำคัญยิ่งนี้ และมุ่งมั่นในการทำหน้าที่อย่างเต็มกำลัง เพื่อให้การจัดขบวนพยุหยาตราทางชลมารคเป็นไปด้วยความเรียบร้อย สง่างาม และสมพระเกียรติ