ประเทศไทยมีอาณาเขตติดต่อกับมาเลเซียทั้งทางบกและทางน้ำ และมีแนวพรมแดนติดกัน เป็นระยะประมาณกว่า 500 กิโลเมตร ครอบคลุม 4 จังหวัด ได้แก่ สตูล สงขลา ยะลาและนราธิวาส โดยทางบกมีการคมนาคมติดต่อกันได้ทั้งทางรถยนต์และทางรถไฟ ทางน้ำมีท่าเรือที่สามารถเดินเรือติดต่อกันได้ทั้งฝั่งทะเลในอ่าวไทยและทะเลอันดามัน 

การค้าชายแดนระหว่างไทย-มาเลเซีย สามารถทำได้โดยผ่านด่านถาวรระหว่างประเทศไทยกับมาเลเซียทั้งหมด 9 แห่ง ได้แก่
1. ด่านสะเดา อ.สะเดา จ.สงขลา
2. ด่านปาดังเบซาร์อ.สะเดา จ.สงขลา
3. ด่านสุไหงโก-ลก จ.นราธิวาส
4. ด่านตากใบ อ.ตากใบ (ท่าเรือ) จ.นราธิวาส
5. ด่านบ้านประกอบ อ.นาทวีจ.สงขลา
6. ด่านวังประจัน อ.ควนโดน จ.สตูล
7. ด่านสตูล (ท่าเรือ)
8. ด่านเบตง จ.ยะลา
9. ด่านบูเก๊ะตา อ.แว้ง นราธิวาส

สำหรับการเดินทางข้ามแดนเข้า-ออกระหว่างไทยและมาเลเซียนั้นสามารถกระทำได้ทั้งการเดินทางด้วยรถยนต์ส่วนตัวและรถโดยสารสาธารณะไม่ประจำทาง สำหรับการขนส่งสินค้าและการเดินทางด้วยรถยนต์ส่วนตัวเข้า-ออกระหว่างประเทศนั้นมีเงื่อนไขที่แตกต่างกัน ดังนี้
1. การเดินทางผ่านเข้าออกมาเลเซีย รถยนต์ที่ผ่านเข้า-ออกต้องมีเอกสารต่าง ๆ ได้แก่ ใบอนุญาตให้นำรถยนต์ส่วนบุคคลจากต่างประเทศเข้าประเทศมาเลเซีย (International CirculationPermit, ICP) สมุดทะเบียนรถที่แปลเป็นภาษามาเลเซียหรืออังกฤษ เอกสารการทำประกันบุคคลประเภท 3 ที่ครอบคลุมถึงประเทศมาเลเซียและใบอนุญาตขับขี่ที่ไม่หมดอายุและมีการแปลเป็นภาษาอังกฤษ อย่างไรก็ตาม รัฐบาลมาเลเซียอนุญาตให้รถไทยเข้าประเทศมาเลเซียได้โดยไม่มีใบอนุญาต ได้ไม่เกินระยะ 2 กิโลเมตรจากด่านชายแดนที่เข้าประเทศมาเลเซียเท่านั้น สำหรับการนำรถยนต์ส่วนบุคคลสัญชาติมาเลเซียเข้ามาไปในประเทศไทย เป็นไปตามประกาศกรมการขนส่ง ฉบับที่ 7/2528 ซึ่งกำหนดให้รถโดยสารที่จดทะเบียนในต่างประเทศเข้ามาในประเทศไทยได้เพียง 5 ด่าน คือ ด่านสุไหงโกลก ด่านเบตง ด่านสตูล ด่านสะเดา และด่านปาดัง-เบซาร์ โดยสามารถเข้าได้ไม่เกินเขตท้องที่ อ.เมือง ของจังหวัดที่นำรถเข้า ในกรณีที่มีความประสงค์จะนำรถเข้ามาประเทศไทยเกินกว่าจุดที่กำหนดไว้แต่อยู่ในท้องที่จังหวัดนราธิวาส ยะลา ปัตตานี สตูล และสงขลา ต้องยื่นคำขอใบอนุญาตเป็นหนังสือต่อกรมการขนส่งทางบก ณ สถานกงสุลไทยหรือสถานทูตไทยในประเทศมาเลเซียก่อนการนำรถเข้ามา หรือสามารถขออนุญาต ณ สำนักงานขนส่งจังหวัดที่นำรถมาในครั้งแรก สำหรับกรณีรถขนส่งสินค้าที่จะเข้ามายังประเทศไทยจะต้องเป็นรถที่จดทะเบียนในประเทศไทย
2. สำหรับการขนส่งสินค้าผ่านแดนนั้น ทางมาเลเซียยินยอมให้มีการขนส่งสินค้าเน่าเสียง่ายทางถนนจากไทยผ่านมาเลเซียไปยังสิงคโปร์ได้ และยังสามารถขนสินค้าทั่วไปจากสิงคโปร์ผ่านมายังประเทศไทยได้สำหรับเที่ยวกลับ โดยเป็นไปตามความตกลงในการขนส่งสินค้าผ่านแดน โดยมาเลเซียกำหนดจุดเข้าที่ด่านบูกิตกายูฮีตัมตรงข้ามกับด่านสะเดาเท่านั้น

ไทยและมาเลเซียได้ลงนาม บันทึกความเข้าใจระหว่างรัฐบาลไทยและมาเลเซีย เพื่ออำนวยความสะดวกด้านพิธีการในการเคลื่อนย้ายสินค้า เมื่อวันที่ 27 กรกฎาคม 2546 โดยมีนโยบายให้ความสำคัญกับสินค้านำเข้า และลดหรือยกเลิกการตรวจสินค้าส่งออกโดยนำหลักบริหารความเสี่ยงมาใช้รวมถึงการตรวจสินค้า ณ จุดเดียว และการเชื่อมข้อมูลแบบไร้เอกสาร

ความตกลงระหว่าง รัฐบาลแห่งราชอาณาจักรไทย และ รัฐบาลแห่งมาเลเซีย ว่าด้วยการเดินทางข้ามแดน

ที่มา : กรมการค้าต่างประเทศ, กระทรวงการต่างประเทศ