กรมศิลปากรประการศขึ้นทะเบียนเป็นโบราณสถาน เมื่อวันที่ 21 กันยายน พ.ศ. 2541 ในชื่อโบราณสถานเจดีย์เขาธาตุ บ้านท่าจันทร์ ตำบลท้องเนียน อำเภอขนอม จังหวัดนครศรีธรรมราช พื้นที่โบราณสถาน 56 ตารางวา

เจดีย์ปะการัง โบราณสถานเก่าแก่ของเมืองขนอม เชื่อกันว่ามีอายุมากกว่า 1000 ปี ประดิษฐานอยู่บนยอดเขาธาตุ ในวัดจันทน์ธาตุทาราม เจดีย์เป็นรูปโอคว่ำ มีเส้นผ่าศูนย์กลางประมาณ 5-6 เมตร สร้างขึ้นโดยนำหินปะการัง มาจัดสร้างเป็นเจดีย์ทั้งองค์ รอบ ๆ เจดีย์ มีพระพุทธรูปแกะสลักด้วยหินทรายแดง แสดงให้เห็นว่าที่นี่เป็นแหล่งอารยธรรมทางด้านพุทธศาสนาสมัยหนึ่ง จากบนยอดเขาธาตุนี้ สามารถชมทิวทัศน์ของอ่าวท้องเนียนได้

ตามตำนานกล่าวว่า ผู้มีจิตศรัทธาจากเมืองไชยา ได้รวบรวมทรัพย์สินเงินทอง และของมีค่าต่าง ๆ เพื่อไปบรรจุที่พระบรมธาตุเมืองนคร แต่ไม่ทัน เพราะพระบรมธาตุได้สร้างเสร็จเสียก่อน ผู้มีจิตศรัทธาดังกล่าว จึงได้ร่วมใจกันสร้างเจดีย์ขึ้นบนเขาธาตุ ซึ่งเป็นจุดที่พักก่อนจะไปเมืองนครศรีฯ โดยการนำปะการังที่มีอยู่ในบริเวณนั้น มาสร้างเป็นเจดีย์ทั้งองค์ เป็นรูปโอคว่ำ มีเส้นผ่าศูนย์กลางประมาณ 5-6 เมตร รอบ ๆ เจดีย์มีพระพุทธรูปแกะสลักด้วยหินทรายแดง เชื่อว่าคงเป็นแหล่งอารยธรรมทางด้านพุทธศาสนาสมัยหนึ่งในบริเวณอ่าวทางตอนเหนือของคาบสมุทรนี้

อีกตำนานหนึ่งเล่าว่า ได้มีเจ้านายชั้นผู้ใหญ่ และประชาชนจาก ชุมพร ประจวบคีรีขันธ์ สุราษฎร์ธานี ที่มีจิตศรัทธาในองค์พระบรมธาตุ นครศรีธรรมราชได้นำแก้วแหวนเงินทอง และของมีค่าต่าง ๆ เพื่อไปบรรจุในองค์พระบรมธาตุนคร แต่ในระหว่างการเดินทาง เรือได้อับปาง บางส่วนรอดชีวิต และถูกคลื่นซัดมาเกยฝั่งที่นี่ เลยได้ร่วมกันสร้างเจดีย์จากหินปะการัง เพื่อบรรจุของมีค่าที่ยังเหลืออยู่ แทนการนำไปบรรจุที่พระบรมธาตุ นครศรีธรรมราช

ลักษณะโบราณสถาน

เจดีย์ปะการัง ได้ชื่อนี้ เพราะถูกสร้างด้วยหินปะการังแต่ไม่ใช่ทั้งองค์ แกนภายในยังคงเป็นแกนอิฐตามภาพสามมิตินี้ แล้วจึงก่อผิวด้านนอกด้วยหินปะการัง โดยเกลาหินเป็นรูปทรง เช่นบัวคว่ำ บัวหงาน ปล้องไฉน ไม่พบว่ามีการสอปูนในส่วนนี้ น่าจะอาศัยความสากของพื้นผิวปะการัง และน้ำหนักในการคงรูปของโบราณสถาน

จากการขุดค้นทางโบราณคดีรอบบริเวณ และโบราณวัตถุที่ยังตกค้างในห้องกรุของเจดีย์พบภาชนะดินเผาสมัยราชวงศ์หยวน ราชวงศ์หมิง เครื่องถ้วยสุโขทัยจากเตาศรีสัชนาลัย เครื่องถ้วยพื้นเมือง และพระพิมพ์ขนาดเล็ก รวมทั้งเครื่องประดับเช่นแหวนทอง ก่อนทองคำ และอัญมนีภายในห้องกรุของเจดีย์

กรมศิลปากรกำหนดอายุเจดีย์หลังนี้อยู่ในราว พุทธศตวรรษที่ 19 - 22 ซึ่งค่อนข้างกว้าง คิดอย่างเองก็ไม่มีไอเดียที่จะกำหนดให้แคบกว่านี้ แต่คิดว่าหากจะสืบให้ชัดเจน ก็น่าจะต้องลองเก็บตัวอย่างสถูปทรงระฆังที่เชื่อกันว่าเป็นการจำลองพระบรมธาตุนคร ที่กระจายตัวตามแนวชายฝั่งอ่าวไทยเพิ่มเติมอีกซักหน่อย